Cuando Emilio cursando leyes en la universidad, a sus 18 años, los Jesuitas tenían casa abierta en Cuenca, lo cual le permitió ingresar en el noviciado. Posteriormente en el Colegio Seminario San Luís. Mostró ser un avezado filósofo y ello le capacitó para ejercer la docencia en el Colegio San Felipe de Riobamba, donde fue designado vice rector.

En 1895 se produjo una invasión del país por parte de los liberales, cuyas tropas en 1896, llegaron a Quito, sin lograr anexionarse grupos, como en Riobamba que no les eran leales. Fue el motivo por el cual tuvieron en la mira del ojo al Obispo de Riobamba y a los religiosos jesuitas en quienes vieron responsables de tal resistencia. Llegando lejos apresaron al prelado y a, renglón seguido, a los Jesuitas. Era el 2 de mayo de 1896.

La madrugada del 4 de mayo de 1897, Emilio se hallaba orando cuando tropas militares que luchaban contra los que conformaban la resistencia que se habían atrincherado en el colegio de los jesuitas, quedando en el ojo del huracán. Aquellos ignoraban que la comunidad estaba dentro por eso tomaron el centro educativo que juzgaron, lugar estratégico para combatir a los militares.

Pero éstos recibieron los ataques de la resistencia juzgando que tales provenían del colegio siendo que, en realidad, los jesuitas estaban ajenos a lo que acontecía fuera. No tardaron en darse cuenta. Los militares asaltaron el colegio, echaron abajo las puertas del templo y profanaron las Sagradas Formas destruyendo lo que hallaron al paso.

Al encontrar al P. Moscoso orando sin mediar palabra, le asestaron dos disparos a quemarropa y, después de tanta infamia, aún añadieron otra más, colocando en sus manos el arma homicida para hacer creer a todos, que la muerte del religioso se produjo en la refriega en la que él habría estado implicado. Pero Dios que todo lo conoce al paso del tiempo restituye no solo la imagen de este religioso, que ya tenía fama de virtud y como tal era reconocido, sino que la Iglesia fundada por Cristo, a la que amó abre la vía para ser elevado a la gloria de Bernini.